クリニック開業で使える補助金・助成金一覧｜失敗しないためのポイントも解説【2026年最新】

クリニックを開業するには、テナントの取得から医療機器の購入、内装工事まで多額の資金が必要です。そこで積極的に活用したいのが、国や自治体が提供している補助金や助成金です。要件を満たせば返済不要で受け取れるため、自己負担を抑えながら開業や経営の基盤を整えられます。

本記事では、クリニックの開業時・開業後に活用できる補助金・助成金を一覧でまとめました。なお、掲載している情報は2026年3月時点のものです。各制度の詳細・最新情報は必ず公式ページでご確認ください。

クリニック開業に活用できる「補助金」と「助成金」の違い

補助金・助成金には似ているようで、いくつかの重要な違いがあります。制度を正しく使い分けるために、まずは4つの違いを確認しておきましょう。

管轄が違う

補助金は主に経済産業省や地方自治体が所管しており、助成金は厚生労働省の管轄です。そのため申請先となる窓口や手続きのルールが制度ごとに異なります。

雇用関連の助成金はハローワーク（公共職業安定所）が申請窓口になるケースが多く、補助金は各省庁や指定の外部機関が窓口となります。

予算が違う

助成金は要件を満たせば原則として受給できますが、補助金には年度ごとの予算上限があります。予算に達した時点で公募が終了するため、審査を通過したとしても必ずしも採択されるとは限りません。

開業資金の一部として補助金を組み込む場合は、確実に受給できるものとして資金計画に織り込まないことが重要です。

給付額が違う

助成金は雇用・人材育成関連の制度が中心で、1件あたり数十万〜100万円程度の給付が多いです。

一方で補助金は設備投資や事業開発を支援するものが多く、数百万〜数千万円規模の給付もあります。大きな初期費用を補いたいなら補助金、採用や研修コストを抑えたいなら助成金、と目的に応じて使い分けられます。

募集期間が違う

助成金は、通年で随時募集を行っているものが一般的です。要件を満たしたタイミングでいつでも申請できます。補助金は年間で数回ほどの公募期間があらかじめ決まっており、その期間内に準備をして応募しなければなりません。

「使いたい補助金があったのに公募が終わっていた」というケースは珍しくないため、開業を検討し始めた時点から早めに情報収集を始めることをおすすめします。

補助金・助成金・融資の使い分け

資金調達の方法として、金融機関からの融資も重要な選択肢です。融資は返済が必要ですが、開業前にまとまった資金を確実に準備できます。

補助金と助成金は原則として「後払い」になるため、まずは融資で初期費用を確保し、その後に補助金や助成金を活用して手元資金を回復させる使い分けも可能です。

クリニックの開業時に活用できる補助金

クリニックを新規開業する際は、医療機器の購入や内装工事、電子カルテの導入など多岐にわたる設備投資が必要です。ここでは、クリニックの開業時に活用しやすい代表的な補助金を紹介します。

それぞれの補助金には対象となる経費や要件が定められているため、ご自身の開業計画に合ったものを見つけましょう。

※情報は2026年3月時点の内容にもとづいています。各制度の公募スケジュールや補助内容は年度ごとに変更されるため、申請前には必ず各制度の公式ページまたは公募要領で最新情報をご確認ください。

【電子カルテ導入に使える】デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）

2025年まで「IT導入補助金」として運用されてきた制度が、2026年度から「デジタル化・AI導入補助金」として名称を変えて継続しています。

電子カルテ・予約管理システム・レセプトコンピュータ（レセコン）といったITツールの導入費用が補助対象となり、個人クリニックを含む医療機関も申請できます。

受け取れる金額の目安	補助上限：最大450万円 ／ 補助率：原則1/2（賃上げ要件を満たす小規模事業者は最大3/4）
主な募集期間の目安	年複数回。春から秋にかけておおむね数回の締切が設けられる
公式URL	デジタル化・AI導入補助金

関連記事：IT導入補助金2024とは？医療機関向けに活用術をわかりやすく解説！

【新規開業直後に使いやすい】小規模事業者持続化補助金（創業型）

開業後3年以内の小規模なクリニックが特に使いやすい補助金です。開業後の集患・広報活動に伴う費用が主な補助対象で、広告宣伝費・ホームページ制作費・患者向けパンフレットの印刷費などに活用できます。

「創業型」は通常の一般型よりも補助上限が高く設定されており、開業間もない時期の資金負担を抑えるのに向いています。

受け取れる金額の目安	補助上限：200万円（インボイス特例を活用した場合は最大250万円） ／ 補助率：2/3
主な募集期間の目安	年2〜3回程度。春と秋を中心に公募期間が設けられる
公式URL	小規模事業者持続化補助金

【院内設備に活用可】ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金（ものづくり補助金）

高額な医療機器の導入や診療の自動化など、クリニックの生産性向上につながる設備投資を支援する補助金です。新しい診療メニューの開発や、最新機器による他院との差別化を図りたい場合に有効です

受け取れる金額の目安	補助上限：750万〜2,500万円（従業員数により変動。大幅賃上げの場合は最大4,000万円） ／ 補助率：原則1/2（小規模事業者は2/3）
主な募集期間の目安	年3〜4回程度。毎年1〜2月ごろと春以降にそれぞれ公募期間が設けられる
公式URL	ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金

関連記事：医療機器の導入、リースと購入どちらが良い？

【承継開業時に利用できる】事業承継M&A補助金

既存のクリニックをM&Aなどで引き継いで開業する「医院継承（医業承継）」の際に活用できる補助金です。専門家への仲介手数料や引き継ぎ後の設備改修費、広告宣伝費などが補助対象です。承継開業の初期費用を抑えたい場合に適しています。

受け取れる金額の目安	補助上限：枠・条件により最大2,000万円 ／ 補助率：1/3〜2/3（枠による）
主な募集期間の目安	年複数回。おおむね2〜3ヶ月ごとに公募が設けられている
公式URL	事業承継M&A補助金

関連記事：新規開業と承継開業のメリット・デメリット【徹底比較】

【過疎地での開業で使える】医療施設等施設整備費補助金

地方や医療過疎地域でのクリニック開業を検討している先生に向いている補助金です。厚生労働省が所管しており、へき地医療・在宅医療・救急医療・感染症対応を目的とした施設整備費が補助対象となります。申請は都道府県を経由して国に行う仕組みで、自治体との連携が前提です。

受け取れる金額の目安	施設の種類・規模により異なる。都道府県を通じて個別に確認が必要
主な募集期間の目安	都道府県経由の申請。毎年度ごとに予算措置されるため、早めの相談が重要
公式URL	医療施設等施設整備費補助金

【受付や精算の自動化に使える】中小企業省力化投資補助金

受付業務の自動化や自動精算機の導入など、スタッフの手作業を減らす省人化投資を検討しているクリニックに向いている補助金です。

「カタログ型」と「一般型」の2種類があり、カタログ型は事前登録された機器を導入するもので、申請の手間が比較的少ないのが特徴です。クリニックでは無人受付端末・自動精算機・バックオフィスの自動化ツールなどへの活用が見込めます。

受け取れる金額の目安	補助率：1/2（小規模事業者は2/3）※補助上限額は枠・規模による。公募要領を要確認
主な募集期間の目安	おおむね毎月1回ペースで締切が設けられている
公式URL	中小企業省力化投資補助金

【自費診療の新設に使える】新事業進出補助金（中小企業新事業進出補助金）

既存の診療サービスとは別に、自費診療ラインの新設・在宅医療・遠隔診療など新しい分野に進出する際に活用できる補助金です。

「既存事業の延長ではない新市場への進出」が申請の条件となっており、新たな事業領域への設備投資費用が対象になります。

受け取れる金額の目安	補助上限：最大9,000万円 ／ 補助率：1/2〜2/3（枠による）
主な募集期間の目安	おおむね3ヶ月に1回程度。毎年複数回の公募が設けられている
公式URL	新事業進出補助金（中小企業新事業進出補助金）

【自治体独自の創業支援】起業支援金（都道府県・自治体）

各都道府県や市区町村が独自に設けている創業者向けの補助金・給付金です。内容や給付額は自治体によって大きく異なり、数十万円から数千万円規模のものまであります。

地方移住とセットで医療機関を開設するケースでは、手厚い支援が受けられる地域もあります。

受け取れる金額の目安	自治体によって数十万〜数千万円と幅が大きい。開業予定地の窓口に要確認
主な募集期間の目安	自治体ごとに異なる。通年募集のものと期間限定のものがある
公式URL	起業支援金（都道府県・自治体）

開業後のクリニック経営に活用できる助成金・補助金

クリニックの経営が軌道に乗ったあとも、スタッフの採用・育成・定着やデジタル化投資など、さまざまな場面で活用できる助成金・補助金があります。これらは助成金が中心で、要件を満たせば比較的確実に受給できるものも多いため、経営コストの削減や職場環境の整備に積極的に活用していきましょう。

※情報は2026年3月時点の内容にもとづいています。各制度の公募スケジュールや補助内容は年度ごとに変更されるため、申請前には必ず各制度の公式ページまたは公募要領で最新情報をご確認ください。

【電子処方箋の導入に使える】電子処方箋管理サービス等関係補助金

電子処方箋の導入・運用に必要なシステム費用の一部を支援する補助金です。厚生労働省が所管しており、医療DX推進の一環として設けられました。電子処方箋対応システムの導入を検討しているクリニックが対象で、導入コストの負担を軽減できます。

受け取れる金額の目安	導入するシステムの種類・規模によって異なる。公募要領を要確認
主な募集期間の目安	通年（予算上限に達するまで）
公式URL	電子処方箋管理サービス等関係補助金

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【スタッフの賃上げに使える】医療機関・薬局における賃上げ・物価上昇に対する支援（令和7年度補正予算）

物価上昇やスタッフの賃上げ対応に取り組む医療機関向けの支援制度で、令和7年度補正予算として厚生労働省が予算措置を講じています。

クリニック・診療所も対象になりうる制度ですが、公募時期や申請要件は随時更新されるため、厚生労働省の公式サイトで最新情報を確認しましょう。

受け取れる金額の目安	規模・要件によって異なる。公募要領を要確認
主な募集期間の目安	補正予算措置のため、年度ごとに公募時期が変わる。
公式URL	医療機関・薬局における賃上げ・物価上昇に対する支援

【賃上げ時の設備投資に使える】業務改善助成金

最低賃金の引き上げに取り組む事業者が、合わせて設備投資を行う際に費用の一部を補助する助成金です。

たとえば、スタッフの時給を引き上げるタイミングに合わせて、自動精算機・電子カルテ・予約管理システムなどを導入した場合に対象となる可能性があります。「賃上げ単独」では対象外で、設備投資とセットで行うことが受給の条件です。

受け取れる金額の目安	補助率：3/4〜4/5（事業場内最低賃金の水準による） ／ 補助上限：最大600万円（引き上げ人数・コースによる）
主な募集期間の目安	例年9月ごろから申請受付開始。
公式URL	業務改善助成金

【パートを正社員化した際に使える】キャリアアップ助成金

パートタイマーや契約社員などの非正規雇用スタッフを、正社員として登用した際に受給できる助成金です。優秀なスタッフの定着率を高め、長期的な採用コストを削減したいクリニックにとって非常に有効な制度です。

受け取れる金額の目安	1人当たり40〜80万円
主な募集期間の目安	通年
公式URL	キャリアアップ助成金

【お試し採用の賃金を補助】トライアル雇用助成金

採用前に試行雇用（トライアル雇用）の期間を設けた際に、その期間中の賃金の一部を補助する助成金です。就職困難な方を雇用した場合に最長3ヶ月間の賃金補助が受けられます。採用後のミスマッチを防ぎながら雇用コストを抑えたいクリニックに向いており、ハローワークを通じて手続きを進めます。

受け取れる金額の目安	1人当たり月額最大4万円（最長3ヶ月）
主な募集期間の目安	随時申請可能。ハローワーク経由でトライアル雇用開始前に申請
公式URL	トライアル雇用助成金

【高齢者や障害者の採用コスト補助】特定求職者雇用開発助成金

高齢者・障がいのある方・母子家庭の母親など、就職が困難な方を雇用した際に支給される助成金です。医療事務や受付スタッフの採用コスト削減に活用でき、多様な人材の活用を推進するクリニックに向いています。

受け取れる金額の目安	対象者の属性・雇用形態により異なる。高齢者（60歳以上）の場合は1人当たり最大60万円〜
主な募集期間の目安	随時申請可能。雇用後早めにハローワークへ相談・申請
公式URL	特定求職者雇用開発助成金

【スタッフの研修費に使える】人材開発支援助成金

看護師・医療事務などのスタッフに対して職業訓練や研修を実施した際に、研修費用の一部を助成する制度です。社内研修・外部研修いずれも対象になる場合があり、スタッフの専門性向上と定着率の改善に役立てられます。

受け取れる金額の目安	コースによって異なる。訓練費用の20〜75%程度 ／ 訓練時間に応じた賃金助成も
主な募集期間の目安	随時申請可能。訓練実施前に計画届の提出が必要
公式URL	人材開発支援助成金

【離職率を下げた際に受給可能】人材確保等支援助成金

評価・処遇制度や研修制度・健康管理制度などの雇用管理制度を整備することで、スタッフの離職率を改善した際に支給される助成金です。制度整備の前後で離職率の改善が確認されることが受給の条件となります。

受け取れる金額の目安	コース・事業規模により異なる。雇用管理制度助成コースで最大57万円〜
主な募集期間の目安	随時申請可能。制度整備の前に計画の届出が必要
公式URL	人材確保等支援助成金

【過疎地における採用で受給可能】地域雇用開発助成金

雇用機会が不足している地域でクリニックを新設・整備し、その地域に住む求職者を新たに雇用した場合に受給できます。地方や医療過疎地域での開業を検討している先生にとってメリットが大きい制度です。

受け取れる金額の目安	雇用人数・設備投資額によって異なる。1回の申請で数十万〜数百万円の支給実績あり
主な募集期間の目安	随時申請可能。対象地域かどうかはハローワークで事前確認が必要
公式URL	地域雇用開発助成金

【育休制度を整備した際に受給可能】両立支援等助成金

育休・産休取得を促進するための制度整備や、育休後の職場復帰支援を実施した際に受給できる助成金です。複数のコースが設けられており、なかでも「出生時両立支援コース（子育てパパ支援助成金）」は、男性スタッフが子の出生後8週間以内に育休を取得した際に事業主が受給できる制度として設けられています。

女性・男性を問わず育休を取りやすい職場環境を整えることは、採用競争力の向上や離職率の低下にもつながります。

受け取れる金額の目安	コースにより異なる。育休中等業務代替支援コースで代替要員雇用時に最大110万円等
主な募集期間の目安	随時申請可能。
公式URL	両立支援等助成金

【医療設備や設備投資の緊急支援】医療施設等経営強化緊急支援事業

物価高騰などの影響を受けている医療機関に対し、経営基盤の強化や必要な施設整備を緊急的に支援する事業です。原則として都道府県を通じて申請を行います。

東京都など一部の自治体では独自の上乗せ支援を実施しているケースもあります。

受け取れる金額の目安	施設・設備の種類・規模により異なる。都道府県窓口へ要確認
主な募集期間の目安	年度ごとに指定された期間（都道府県による）
公式URL	医療施設等経営強化緊急支援事業

補助金や助成金の受給で失敗しないためのポイント

補助金・助成金の制度は数多くありますが、申請すれば必ずもらえるというわけではありません。特に補助金は事業計画書の内容が採否を左右する重要な書類となります。

受給を確実に進めるために、これから解説する3つのポイントをおさえておきましょう。

補助金の申請は事業計画書が重要

補助金は「審査あり」の制度であり、採択されなければ資金を受け取れません。そこで審査時に最も重視されるのは、提出する事業計画書の内容です。事業の必要性や実現可能性、将来性が問われます。

クリニックの場合「地域の医療ニーズ」をしっかりと計画に盛り込むことが必須です。見込み患者数・売上目標・雇用予定人数など、根拠のある数値を事業計画書に盛り込む必要があります。賃上げやDX推進を計画に含めると加点が期待できる補助金もあるため、制度ごとの審査基準を確認しておきましょう。

原則「あと払い」なのでキャッシュフローの確認が重要

補助金や助成金の基本的な仕組みは「先に自費で支出し、あとから補助金が振り込まれる」という後払いです。交付が決定してから、実際に口座へ入金されるまでに、数か月から1年以上かかるケースも多くあります。

特に開業直後は収入が安定しない時期のため、補助金の受給を前提にせず手元資金を十分に確保したうえで申請を進めることが重要です。特に大型補助金への申請を計画している場合は、融資と補助金の組み合わせも検討しておきましょう。

必ず専門家を活用する

補助金・助成金の申請は、専門家のサポートなしに進めることが難しい制度です。申請要件は複雑なうえ、補助金の採択には精度の高い事業計画書が求められるためです。また制度によっては、認定経営革新等支援機関（認定支援機関）への事前相談が、申請の必須条件になるものもあります。

「事業承継M&A補助金」などでは、専門家へ依頼する費用自体が補助対象になる場合もあるため、税理士やコンサルタントなどの専門家を必ず活用しましょう。

クリニック開業の補助金・助成金に関するよくある質問

クリニックの開業に向けて補助金や助成金を検討する際、多くの先生が抱く疑問をまとめました。制度の対象範囲や他の資金調達方法との併用など、申請前に知っておきたい基本的なルールについて回答します。

Q1. 美容クリニックでも補助金は使えますか？

はい、使えます。デジタル化・AI導入補助金やものづくり補助金、小規模事業者持続化補助金などは、美容クリニックを含む医療機関も広く対象としています。

ただし保険診療を行わない自費専門の美容クリニックの場合、一般の事業者として扱われるケースもあるため、制度ごとの確認が特に重要です。

Q2. 採択されなかった場合は再度申請できますか？

多くの補助金は、一度不採択となっても、次回の公募期間に再度申請することが可能です。不採択となった理由を分析し、専門家のアドバイスを受けながら事業計画書を修正することで、次回の採択率を高められます。

Q3. 融資と補助金・助成金は併用できますか？

原則として融資と補助金・助成金の併用は可能です。ただし、同一の経費に対して複数の補助金を重複して受け取ることは原則禁止されています。

また補助金の種類によっては「他の公的補助との併用不可」という条件が設けられているケースもあるため、事前に公募要領を確認することが重要です。

Q4. 申請は自分一人でできますか？

制度によっては個人での申請も可能ですが、現実的には非常に困難です。日常の診療や開業準備で忙しい先生が、複雑な申請書類や事業計画書を一人で作成し、審査を通過させるのは多くの時間と労力を要します。

採択の確実性を上げるためにも、専門家のサポートを受けることを強くおすすめします。

まとめ｜クリニックの開業資金を抑えたいなら承継開業と補助金の組み合わせが効果的

補助金と助成金の特徴を正しく理解し、専門家のサポートを受けながら活用することで、開業時の資金負担を大幅に軽減できます。

特にクリニックの開業資金を抑えたいとお考えの先生には、新規開業だけでなく「医院継承（医業承継）」という選択肢もおすすめです。既存のクリニックを買い手として引き継ぐ医院継承であれば、内装や医療機器をそのまま活用できるため、初期投資を大きく抑えられます。

さらに「事業承継M&A補助金」などを組み合わせることで、よりリスクの少ない開業が実現可能です。補助金の申請は準備が早いほど選択肢が広がります。まず活用できる制度を把握し、開業計画と並行して情報収集を進めることが大切です。

承継開業やM&Aに関するご相談は、医療機関を専門としている「エムステージマネジメントソリューションズ」へお気軽にお問い合わせください。

▶医院継承・医業承継(M&A)のご相談は、エムステージ医業承継サポートにお問い合わせください。

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本コラムは一般的な情報提供を目的としたものであり、特定の取引や個別の状況に対する税務・法務・労務・行政手続き等の専門的なアドバイスを提供するものではありません。個別案件については必ず専門家にご相談ください。