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事業譲渡における薬品（棚卸在庫）の取り扱いは？評価方法や消費税、注意点を徹底解説
目次
クリニックの事業譲渡を進めるにあたって「薬品の在庫はどうなるの？」「引き継がなければいけないの？」と疑問に感じる先生も多くいらっしゃることでしょう。
薬品在庫は会計上「棚卸資産」と呼ばれる資産の一種で、M&Aの譲渡価格にも直接関わる要素です。評価方法を誤ったり消費税の扱いを見落としたりすると、契約後に思わぬ金銭トラブルへと発展するリスクもあります。
そこで本記事では、事業譲渡における薬品在庫の法的な位置づけから評価の方法、消費税の扱い、実際に起こりうるトラブル事例まで詳しく解説します。
事業譲渡における薬品（棚卸資産）の取り扱いは流動資産
クリニックの事業譲渡において、薬品をはじめとする棚卸資産は会計上「流動資産」として分類されます。流動資産とは、おおよそ1年以内に現金化できる資産のことです。
“医薬品、診療材料、給食用材料、貯蔵品等のたな卸資産は、流動資産に属するものとし、病院がその医業目的を達成するために所有し、かつ短期的な費消を予定しない財貨は、固定資産に属するものとする。”
医院継承（M&A）でクリニックの事業を譲り渡す際、これらの在庫は現金や未収入金と同様に、クリニックの資産価値を決める大切な要素となります。そのため適切な譲渡価格を計算する上でも、棚卸資産の正確な価値を把握しておくことが重要です。
医療機関の棚卸資産に含まれるもの・含まれないもの
棚卸資産に含まれるかどうかは「販売・使用することで医業収益に変わる消耗品なのか」が基準になります。
| 区分 | 主な品目 |
|---|---|
| 含まれるもの | 処方薬・調剤薬品、注射薬・点滴、処置用消耗品（ガーゼ・注射針など）、検査試薬、院内販売のOTC医薬品 |
| 含まれないもの | 医療機器・検査機器（固定資産）、診察台・パソコン（固定資産）、未収の診療報酬（売掛金） |
基本的には未開封や未使用で、今後診療に使える医薬品などが棚卸資産の対象です。なお期限切れの医薬品は棚卸資産に含める必要はなく、廃棄した事実を記録した上で医業原価として計上が可能です。
薬品在庫は事業譲渡時に「引き継ぐかどうか」を決められる
クリニックを譲渡する際のスキーム（手法）には、主に医療法人をまるごと譲渡する「株式譲渡」と、クリニックや医療施設などを個別で譲渡する「事業譲渡」の2種類があります。
株式譲渡の場合、法人格がそのまま引き継がれるため、薬局の許可や薬品在庫、さらには負債やスタッフの雇用契約まで、すべてが自動的に継続されます。
一方で「事業譲渡」は、必要な資産だけをピンポイントに選んで引き継ぐことが可能です。そのため、買い手の診療方針に合わない不要な在庫や使用期限が間近に迫っている薬品を引き継がないという選択もできるわけです。
買い手側にとっては無駄な出費を抑えられるメリットがあり、売り手側にとっては不要な在庫をあらかじめ処分・整理しておく必要性が生じます。
薬品在庫を含むクリニックの事業譲渡の手順
薬品在庫が関わるクリニックの事業譲渡では、一般的に以下の手順で進みます。
- 【現物の棚卸実施】売り手側がクリニック内にある医薬品や消耗品の数量を正確にカウントします。
- 【評価方法の決定】売り手側が採用している評価方法をもとに在庫金額を算出し、その金額を譲渡価格にどう反映させるかを双方で協議します。
- 【基本合意の締結】 薬品在庫の評価額を含むクリニックの譲渡条件の大枠に合意します。
- 【デューデリジェンスの実施】 買い手側が売り手側のクリニックの財務・法務・在庫の実態を詳しく調査します。この段階で棚卸しの内容が精査されるため、帳簿と実態の乖離が発覚すると価格が大きく変わることがあります。
- 【最終契約・引き渡し】デューデリジェンスで問題がなければ最終的な譲渡契約を結び、その後引き渡しとなります。
関連記事：クリニックの新規開業と承継開業のメリット・デメリットを徹底解説
事業譲渡における薬品在庫のポイントは「評価・棚卸しの精度・税務」の3つ
事業譲渡で薬品在庫を扱う際、とくに注意すべきポイントは「資産の評価方法」「日常的な棚卸しの精度」「消費税などの税務処理」の3点です。
これらを適切に管理、理解していないと、売り手側と買い手側の間で認識のズレが生じることになり、交渉がなかなか進まなくなる原因にもなります。
ここでは、それぞれの重要なポイントを詳しく解説します。
薬品在庫の価格評価は届出がなければ「最終仕入原価法」が適用
薬品在庫の評価方法には複数の計算式があります。
【主な評価方法の例】
- 移動平均法
- 総平均法
- 先入先出法
- 最終仕入原価法
それぞれ計算の基準が異なるため、選んだ評価方法によって在庫の評価額が変わります。事前に税務署へ特定の評価方法を届け出ていない場合「最終仕入原価法」が自動的に当てはめられます。
“（棚卸資産の法定評価方法）
第三十一条 法第二十九条第一項（棚卸資産の売上原価等の計算及びその評価の方法）に規定する評価の方法を選定しなかつた場合又は選定した方法により評価しなかつた場合における政令で定める方法は、第二十八条第一項第一号ホ（棚卸資産の評価の方法）に掲げる最終仕入原価法により算出した取得価額による原価法とする。”
最終仕入原価法とは、期末（あるいは事業譲渡日）に最も近い時期に仕入れた単価を基準にして、その薬品の在庫全体の金額を計算する方法です。
たとえば、ある胃薬を過去に「1箱800円」で仕入れていたとしても、直近の最後の仕入れ時に薬価改定などの影響で「1箱1,000円」に値上がりしていた場合、手元にあるすべての胃薬の在庫を「1箱1,000円」として計算します。
計算が比較的シンプルでわかりやすく、譲渡交渉の際も基本的にはこの最終仕入原価法をベースに在庫金額を算出します。
日常の棚卸しの精度がM&Aの最終価格を左右する
クリニックのM&Aでは、一般的に「1次価格提示（初期の概算提示）」と「最終価格（デューデリジェンス後の確定価格）」の2段階で価格が決まります。
ここで問題になるのが、帳簿上のデータと実際の現物の数が合わない「棚卸減耗（たなおろしげんもう）」と呼ばれる事象です。
実務でよくある棚卸しの不備には、以下のようなものがあります。
- 片方だけ数えて2倍にするなど、一部を推計で補完する
- 理論上の在庫数量をそのまま帳簿に転記しただけで実際の残数は確認していない
- 同じ品目を複数棚に分けて管理しているためダブルカウントが発生する
デューデリジェンスで実際の在庫を細かく調査した結果、帳簿と実態に明らかな違いが見つかると、最終価格が下がることもあります。
譲渡を検討し始めた段階から、改めて棚卸しの質を見直しておくことも重要です。
薬品在庫は消費税の「課税資産」として売り手に申告・納税義務がある
事業譲渡で薬品在庫や医療機器を売却する行為は、消費税法上の「資産の譲渡」に当てはまるため、課税の対象になります。消費税の申告および納税の義務は、資産を譲り渡して代金を受け取った「売り手側」に課せられます。
“（納税義務者）
第五条 事業者は、国内において行つた課税資産の譲渡等（特定資産の譲渡等に該当するものを除く。第三十条第二項及び第三十二条を除き、以下同じ。）及び特定課税仕入れ（課税仕入れのうち特定仕入れに該当するものをいう。以下同じ。）につき、この法律により、消費税を納める義務がある。”
ただし実務上のM&A（医院継承）の交渉では、算出した譲渡価格に消費税分を上乗せして請求し、実質的に買い手側が消費税相当額を負担するよう契約で取り決めるケースが一般的です。つまり、買い手側が売り手側に消費税分を含んだ金額を支払い、売り手側がそれを税務署へ納付するという流れになります。
関連記事：医療機関の事業譲渡における消費税｜計算方法や注意点を解説
事業譲渡の際に消費税の課税対象となるもの
事業譲渡で引き継ぐ資産には、消費税が「かかるもの」と「かからないもの」が混在しています。
| 消費税の取り扱い | 資産の具体例 |
|---|---|
| 課税される | 薬品・診療材料などの棚卸資産、建物、医療機器、器具備品、営業権（のれん） |
| 非課税 | 土地、借地権、有価証券、売掛金・未収入金などの債権 |
特にクリニックのM&Aでは、薬品在庫以外に医療機器やのれん代など、複数の課税資産が一度に動くことから消費税の総額も大きくなりやすい傾向にあります。たとえば譲渡代金が1億円であれば、消費税分だけで1,000万円規模になることもあるので、消費税の負担は想像以上です。
関連記事：医療機関の事業譲渡における消費税｜計算方法や注意点を解説
簡易課税制度を採用している場合は消費税の還付が受けられない
買い手側の消費税処理にも、消費税の還付に関して見落としやすいポイントがあります。前提として消費税の計算方法には「原則課税」と「簡易課税」の2種類があります。
原則課税では、患者から受け取った消費税から仕入れや経費で支払った消費税を差し引いて納付額が決まる仕組みです。支払った消費税のほうが多ければ、差額が還付（払い戻し）されます。
一方で基準期間の課税売上高が5,000万円以下で「簡易課税制度」を選択しているクリニックの場合、実際に支払った消費税額ではなく、売上をもとに概算で納付額を計算する仕組みです。
そのため「簡易課税」では、事業承継で薬品の在庫や高額な医療機器を買い取り、多額の消費税を支払ったとしても、その金額は還付の計算に反映されず、原則として還付も受けられません。
対応方法は買い手側の状況によっても異なるため、あらかじめ税理士に相談をしておきましょう。
事業譲渡の際の薬品在庫に関するトラブルの例
医院継承の現場では、薬品在庫に関して事前の取り決めが曖昧だったり、管理体制に不備が発覚したりなど、さまざまなトラブルが発生することもあります。ここではクリニックの事業譲渡の際に起こりやすい薬品在庫関連のトラブルの例と、その予防策を紹介します。
棚卸しの不備が原因でM&Aの最終価格が数百万円下がる
事前の帳簿上では、売り手側は「薬品在庫が500万円分ある」と申告し、それをベースに基本合意を結んでいました。しかし買い手によるDD（デューデリジェンス）で現物を厳密にカウントした結果、使用期限切れの薬品や帳簿の入力漏れが大量に見つかり、実際には300万円分しか存在しなかったという事態もありえます。
このような棚卸しの不備が発覚すると、不足分の200万円が譲渡価格からそのまま減額されます。また、買い手側に「薬品の管理がこれほどずさんなら、医療機器のメンテナンスやスタッフの労務管理も怪しいのではないか」という不信感を与えてしまい、他の資産評価も厳しくチェックされ、交渉そのものが破談となる可能性もあるでしょう。
このような事態にならないためにも、譲渡を検討し始めた段階か、毎月末の実地棚卸しを徹底し、不良在庫の廃棄処理を小まめに行う必要があります。
過剰在庫の評価額をめぐって交渉が長期化
売り手側が取引先の薬品メーカーからまとめて仕入れる習慣があり、長年にわたり大量の薬品を抱え込んでいたケースです。買い手側としては「自院の診療方針ではこの薬は使用しない」「使用期限が半年以内に迫っており使い切れない」などの理由から、在庫の引き取りを拒否したり大幅な値引きを要求したりすることもあります。
一方で売り手側としても「仕入れたのだから購入時の価格で評価してほしい」と希望し、両者の妥協点が見出せず、交渉期間が数か月単位で長引くこともあります。
このような事態にならないためにも、使用頻度の低い薬品は仕入れを絞ったり、基本合意を結ぶ前の段階で引き継ぐ薬品のリスト（品目、数量、使用期限）を買い手側に提示したりといった対策も重要です。
消費税の負担者を取り決めていなかったことで契約後にトラブル
事業譲渡契約の基本合意時に、提示された譲渡価格が「税込」か「税抜」かを明確にしていなかったことから、トラブルに発展することもあります。
たとえば最終的な契約締結の間際になって、売り手側が「譲渡価格の3,000万円に消費税の300万円を上乗せして支払ってほしい」と求めたのに対し、買い手側は「提示された3,000万円は消費税込みの総額だと思っていた」と反発し、予算をオーバーしてしまう買い手側が譲歩できず、契約が白紙に戻ることもあるでしょう。
消費税法上、申告や納税義務は売り手側にありますが、実際の負担者については契約書に定めがなければ争いになります。
このような事態にならないためにも、交渉の初期段階から提示される金額が「税抜（別途消費税を加算する）」であることを、意向表明書や基本合意書に必ず明記する必要があります。
くわえて、こうした金額や税務の取り決めを抜け漏れなく整理し、売り手側と買い手側双方に丁寧に説明してくれるM&A仲介業者を選ぶのも重要です。
麻薬管理者変更の手続きが遅れたことで行政指導を受ける
麻薬や向精神薬の在庫を引き継ぐ場合、一般の医薬品とはまったく異なる厳格なルールが存在します。麻薬施用者や麻薬管理者の免許は、事業譲渡であっても別の医師へそのまま引き継ぐことはできません。
保健所や都道府県に対して、事前の譲渡許可申請や廃棄の手続き、新たな管理者の届出が必要です。これらの手続きを事業譲渡の期日（クロージング日）までに完了させておらず、結果的に無許可で麻薬を譲渡したり移動させたりしたとして、後日行政指導を受けるトラブルがあります。
このような事態にならないためにも、特殊な医薬品を取り扱っている場合は、管轄の保健所へ事前に相談し、法的な手続きのスケジュールをあらかじめ確認しておくことが重要です。
契約書に明記したい薬品在庫のチェックポイント
前述したトラブルの多くは、口頭での合意や認識のすり合わせだけでは防ぎきれず、契約書への記載が不十分なことで引き起こされています。
医院承継でトラブルが起きないためにも、下記の項目について契約書に明記しておきましょう。
| チェック項目 | 詳細 |
|---|---|
| 譲渡対象となる薬品の範囲 | 引き継ぐ品目・数量・使用期限を一覧化し、契約書の別紙として添付する |
| 評価の基準日 | 在庫の価格を算出した基準となる日付を明記（例：基本合意締結前の特定日、実地棚卸しを実施した日） |
| 評価方法 | 最終仕入原価法など採用する評価方法の明治 |
| 期限切れ・期限間近在庫の扱い | 引き継がない在庫の範囲（例：使用期限まで〇か月以内）を具体的に定める |
| 税込・税抜の整理 | 譲渡価格が税抜表示か税込表示かを明示し、解釈のズレを防ぐ |
| 消費税相当額の負担方法 | 売り手・買い手どちらが消費税相当額を実質負担するかを明記する |
| クロージング時の再棚卸しの有無 | 引き渡し直前に実地棚卸しを行うかどうかを取り決めておく |
| 差額調整の方法 | 基本合意時の在庫評価額とクロージング時の実際の在庫に差が生じた場合の調整ルールを定める |
上記の項目を契約書に盛り込んでおくことで双方の認識の齟齬を防ぎ、円滑な医院継承が実現します。
クリニックの事業譲渡時の薬品に関するよくある質問
クリニックの事業譲渡を検討している医師から多く寄せられる、薬品在庫に関する疑問にQ&A形式で回答します。
Q1.薬品在庫はすべて引き継がなければなりませんか？
事業譲渡のスキームにおいては、どの資産を引き継ぐかを売り手側と買い手側で自由に選択できます。そのため買い手側が不要と判断した薬品在庫や、自院の治療方針に合わない医薬品を無理に引き継ぐ必要はありません。 買い手側が引き取らなかった在庫については、譲渡対象から除外され、売り手側が自らの責任で返品や他院への譲渡、あるいは廃棄等の処分を行う必要があります。
Q2.期限切れ在庫はどう処理すれば損しませんか？
デューデリジェンス（契約前の調査）が始まる前に廃棄しておくことが基本です。期限切れ薬品を廃棄した場合、税務上は「廃棄損」として医業原価に計上でき、課税所得の減額につながります。
Q3.事業譲渡の際の消費税の納税義務は売り手？買い手？
法律上、消費税の申告・納税義務は売り手側にあります。ただし実際に消費税相当額を「誰が負担するか」については法律に定めがなく、契約当事者間で自由に決めることが可能です。実務では「買い手側が消費税相当額を売り手側に支払う」形にするケースも多くありますが、この点を契約書に明記しておかないと、引き渡し後のトラブルの原因になります。
Q4.医療法人での譲渡では薬品在庫の問題は起きませんか？
株式譲渡の場合は医療法人の法人格ごと引き継ぐため、在庫の個別評価や引き渡し手続きも原則として不要となり、事業譲渡より手続きの手間も少なくなります。
ただ、期限切れ在庫・過剰在庫のリスクもそのまま引き継ぐことになるため、問題がゼロになるわけではありません。帳簿上に記載されている在庫額と実際の現物の価値にズレがあれば、法人の純資産価値（時価純資産）の評価が変わるため、いずれにせよ正確な棚卸しが欠かせません。
まとめ：事業譲渡時の薬品在庫トラブルを防ぐには医療M&Aの専門家に相談を
クリニックの事業譲渡において、薬品在庫は最終的な譲渡価格や税務処理に直結する非常に重要な資産です。 日常的な棚卸しの精度を高め、適切な評価方法（最終仕入原価法など）を理解しておかなければ、DDの段階で思わぬ減額を要求されたり、買い手側との交渉が長引く原因になったりします。
また消費税の課税・非課税の仕分けや麻薬等の特殊な薬品の手続きなど、医療業界特有の専門的な知識も必要です。医院継承をスムーズかつ有利に進め、後悔のないクリニック譲渡を実現するためには、早い段階から専門家のサポートを受けておくことをおすすめします。
私たちエムステージコミュニケーションズでは、医療業界に特化したM&Aの豊富な実績とノウハウを持ち、事前の資産評価から複雑な税務のアドバイス、最終的な契約成立までを一貫してサポートしています。クリニックの売却・譲渡をご検討の際は、ぜひお気軽無料相談をご活用ください。
▶医院継承・医業承継(M&A)のご相談は、エムステージ医業承継サポートにお問い合わせください。
この記事の監修者
田中 宏典 <専門領域：医療経営>
株式会社エムステージマネジメントソリューションズ代表取締役。
医療経営士1級。医業承継士。
静岡県出身。幼少期をカリフォルニア州で過ごす。大学卒業後、医療機器メーカー、楽天を経て株式会社エムステージ入社。医師紹介事業部の事業部長を経て現職。
これまで、病院・診療所・介護施設等、累計50件以上の事業承継M＆Aを支援。また、自社エムステージグループにおけるM&A戦略の推進にも従事している。
2025年3月にはプレジデント社より著書『“STORY”で学ぶ、M&A「医業承継」』を出版。医院承継の実務と現場知見をもとに、医療従事者・金融機関・支援機関等を対象とした講演・寄稿を多数行うとともに、ラジオ番組や各種メディアへの出演を通じた情報発信にも積極的に取り組んでいる。
医療機関の持続可能な経営と円滑な承継を支援する専門家として、幅広く活動している。
より詳しい実績は、メディア掲載・講演実績ページをご覧ください。
【免責事項】
本コラムは一般的な情報提供を目的としたものであり、特定の取引や個別の状況に対する税務・法務・労務・行政手続き等の専門的なアドバイスを提供するものではありません。個別案件については必ず専門家にご相談ください。