【2026年最新】医師の働き方改革が医療機関に与えた影響と対応のポイント

「勤怠管理の仕組みを整えたいが、どこから手をつければいいかわからない」「上限規制に違反していないか不安だが、時間外労働の実態を把握できていない」

このようにお悩みの先生も多いのではないでしょうか。

医師の働き方改革は2024年4月に義務化されましたが、施行から2年が経った今も「労働時間短縮を実感できない」と答える医師が6割にのぼります。制度の理解不足や経営コストの問題から、対応が追いついていない医療機関は少なくありません。

本記事では、2024年4月に義務化された制度の基本ルールから、施行2年で明らかになった現場の実態、対応が遅れた場合のリスク、そして経営者として取れる選択肢まで解説します。

医院継承（M&A）という選択肢もご紹介しますので、ぜひ最後までご覧ください。

2024年4月に義務化された医師の働き方改革の3つのルール

2024年4月から、医師の働き方改革が義務化されました。規模・種別を問わず、すべての医療機関・すべての医師が対象です。クリニックでも病院でも「常勤・非常勤」関係なく適用されます。

制度のポイントは「残業時間の上限」「健康管理の義務化」「業務の分担推進」の3つです。それぞれの内容を確認しておきましょう。

医師の残業時間に上限が設けられた

医師の時間外労働に、初めて法的な上限が設けられました。一般労働者の年間360時間上限（月45時間・繁忙期は月100時間未満）と比べると猶予はありますが、これまで「青天井」だった医師の労働時間に制限がかかったことは、医療機関の運営に大きな影響を与えています。

水準は医療機関の種別と役割によって異なります。

水準	年間上限	対象
A水準（原則）	960時間・月100時間未満	すべての医師
B水準・連携B水準（地域医療暫定特例）	1,860時間	地域医療体制維持に不可欠な機関
C-1水準・C-2水準（集中的技能向上）	1,860時間	研修・専門技能向上中の医師

出典：医師の働き方改革｜厚生労働省

B水準・C水準の適用を受けるには、厚生労働省による「特定労務管理対象機関」の指定が必要です。指定を受けていない医療機関は、すべてA水準（年960時間）が適用されます。

長時間働く医師には休息の確保と健康面談が義務になった

残業時間の上限に加え、長時間労働が見込まれる医師に対しては、健康保護のための義務が生じます。

月100時間以上の時間外労働が見込まれる医師には、水準を問わず医師による面接指導の実施が義務づけられました。また、連続勤務時間は最長28時間まで、勤務と勤務の間には9時間以上の休息（勤務間インターバル）を確保することも必要です。長時間勤務の後は代償休息（働いた分相当の休息を後日与えること）も義務になっています。

これらは「やれる範囲でやる」ではなく、法的に義務として課せられたものです。違反した場合の制裁については、後ほど詳しく解説します。

医師以外のスタッフに仕事を分担することが推進された

医師の労働時間を削減するもう一つの柱が、タスクシフト・タスクシェアの推進です。これは、医師が担っていた業務の一部を看護師・薬剤師・医療事務スタッフなどに移すことを指します。

具体的には、静脈路確保・採血・点滴管理といった処置の一部、処方薬に関する患者への説明、書類作成補助などが対象です。ただし受け手側となるスタッフの人員や能力が確保されていなければ機能しません。

この「受け皿不足（つまり人員不足）」の問題が、現場で改革が進まない主因の一つになっています。

医師の働き方改革の施行から2年で明らかになった問題

日本医師会が2026年3月、745の医療機関と1,402名の勤務医を対象に調査した結果を公表しました。そこで施行から2年が経過した現状をデータで確認してみましょう。

縮小・撤退したくても高齢患者の増加で身動きが取れない病院が多い

救急縮小・撤退を「行っていない」と答えた医療機関は全体の88.3%でした。数字だけ見れば安定しているように思えますが、問題はその理由にあります。

撤退していない理由の1位は「高齢患者の増加で撤退が困難」（40.6%）でした。

出典：日本医師会｜医師の働き方改革と救急医療等の現場に関する調査」

上記の回答を見てもわかるように「縮小したくてもできない」というのが実態です。「地域唯一の医療機関のため撤退できない」という声も多く上がっており、義務感と経営的苦境の板挟みになっている医療機関が多いことがわかります。

一部の病院が改革を進めると他の病院にしわ寄せが集中する

医師の働き方改革が生み出している、もう一つの構造問題があります。それは一部の医療機関が労働時間短縮を実現すると、その分の患者・業務が他院に流れるという連鎖です。

同調査で、救急搬送の受け入れ困難が増えている施設がその要因として挙げたのは、「他院の働き方改革の影響で役割分担が困難になった」が14.8%でした。

出典：日本医師会｜医師の働き方改革と救急医療等の現場に関する調査」

また、手術が減少していない施設では「他院の撤退により自院で患者を多数受け入れており減少しづらい」が26.8%、救急縮小を行っていない施設では「他院の撤退により自院の負担が増え縮小が困難」が19.0%を占めています。

改革を進める医療機関と対応が遅れる医療機関の間で、負担の格差が広がりつつあります。対応の遅れは、自院の問題だけにとどまらず、地域医療全体のバランスを崩すことにもつながるといえるでしょう。

医師の働き方改革の施行前後で変わった勤務医の本音

制度の影響を最も直接受けるのは、現場で働く勤務医です。施行前と施行後の2つの調査データから、医師の本音の変化を見ていきましょう。

施行前の懸念トップは「年収が減る」

私たちエムステージマネジメントソリューションズが2024年1月、468名の医師を対象に実施したアンケートでは、医師の施行前の受け止め方が明らかになりました。

「懸念が大きい」と答えた医師は43.2%に対し、「期待が大きい」はわずか8.8%。懸念の1位は「年収が減る」、2位は「アルバイト時間が制限される」でした。

特に、常勤と非常勤を掛け持ちしている医師の50.8%が「懸念の方が大きい」と回答しています。副業先の労働時間も上限に含まれるため、現在の収入水準を維持することが難しくなることへの不安が大きかったといえます。

施行後も「業務の偏り」と「収入減」が残っている

日本医師会の調査では、医師の働き方改革が施工されたあと「ワークライフバランスがとれるようになった」と答えた医師は27.4%にとどまりました。

出典：日本医師会｜医師の働き方改革と救急医療等の現場に関する調査」

一方で、「自分に業務が偏り負担が増大した」が20.0%、「収入が減った」が15.9%と、施行前の懸念がそのまま現実になった医師が一定数います。また、地域医療への影響として「特定の医療機関に負担が集中した」と感じている医師が30.1%に達しており、前述した「しわ寄せの集中」が医師個人レベルでも実感されていることがわかります。

対応が遅れた医療機関が直面する3つのリスク

医師の働き方改革への対応が遅れると、経営上・法的に具体的なリスクが生じます。「まだ大丈夫」と先送りにしている先生は、以下の3点を確認しておきましょう。

上限違反で罰則が科される

残業時間が法定上限を超えた場合、医療機関には6か月以下の懲役または30万円以下の罰金が科せられます（労働基準法第141条）

繰り返し違反が認められた場合には、B・C水準の前提となる「特定労務管理対象機関」の指定取消リスクもあり、違反が発覚すれば地域での信用にも影響します。行政処分・報道・患者離れといった連鎖的な経営ダメージを考えると、コストの問題以上に深刻です。

時間外割増賃金のコスト負担が増加する

2023年4月から、月60時間を超える時間外労働に対する割増賃金率は50%に引き上げられました。この「中小企業への適用」は多くの医療機関に直撃しており、以前と同じ残業時間でも人件費が増加しています。

さらに、時間外労働の実態を把握していない医療機関では、過去分の未払い残業代を「後から請求」されるリスクも高まっています。勤怠管理が曖昧なまま運営を続けることは、将来的な訴訟リスクにもつながりかねません。

勤怠管理システムの導入・運用コストも新たに発生しますが、これは将来のリスク回避への投資と考えることが大切です。

医師・スタッフの採用競争で不利になる

労働環境の整備が遅れている医療機関は、採用市場で後れをとります。医師も労働条件を重視して転職先を選ぶようになっており、「残業が多い」「管理がずさん」という評判が広まれば、新たな医師の採用も難しくなります。

特に地方・中小クリニックほどこの影響は深刻です。大都市圏の医療機関に比べて条件面での差をつけにくい中で、労働時間管理の不透明さが唯一の弱点になるケースがあります。

スタッフの定着率にも影響するため、人材確保の面でも働き方改革への対応は経営上の優先課題といえるでしょう。

現場で医師の働き方改革が進まない理由

医師の働き方改革が施行されて数年が経過しているにも関わらず「労働時間の短縮が実感できない」という医師は過半数です。制度が施行されても現場の実態が変わらない背景には、2つの構造的な理由があります。

医師不足が深刻で業務を分散できないため

タスクシフト・タスクシェアは制度としては推進されていますが、受け皿となる看護師や薬剤師の人員も不足しているのが現状です。

「医師の業務を誰かに渡す」ためには、渡せる人間が必要です。しかし、看護師・薬剤師・医療事務いずれも採用難が続いており、医師への業務集中が解消できない悪循環が続いています。

人員が少ない小規模医療機関ほど分散の余地がなく、院長一人が多くの業務を抱え込まざるを得ない状況は改善されていません。

対応にかかる経営コストが重すぎるため

医師の働き方改革を完璧に対応しようとした場合、労務管理システムの導入費、人員を増やすための人件費、割増賃金の上昇など、これら3つのコスト増が同時期に重なっています。

診療報酬は国が決める公定価格のため、コスト増を収入増で吸収することができません。飲食店なら原材料費が上がれば値上げで対応できますが、クリニックにはその手段がないのが実情です。

そのため収益が限られる中小クリニックほど対応コストの捻出が難しく、特に個人経営の医院では制度対応を担う専門スタッフも置けません。

関連記事：セルフレジの導入費削減！クリニックが利用できる働き方改革推進支援助成金や補助金を紹介

医師の働き方改革に向けた経営者の選択肢

ここでは医療機関の経営者が、医師の働き方改革に対応するための選択肢を3つ紹介します。いずれも「完璧な対応」より「優先順位をつけて着手する」ことが重要です。

勤怠管理システムで労働時間を正確に把握する

医師の働き方改革への対応は、まず「現状の労働時間を正確に把握すること」から始まります。実態が見えていなければ、どの医師がリスクゾーンにいるかもわからないためです。

システムを選ぶ際は、ICカード・スマートフォンなど多様な打刻方式に対応しているものが望ましいといえます。宿直・オンコール・副業先の労働時間も一元管理できることが条件です。特に、副業・アルバイト先の労働時間も上限に合算されるため、主勤務先だけで管理していては意味がありません。

宿日直許可を取得して労働時間の負担を軽減する

宿直対応がある医療機関にとって、「宿日直許可」の取得は労働時間を大幅に圧縮できる手段の一つです。

許可なしの宿直は、勤務中に何もしていなくても全時間が「労働時間」に算入されます。一方、労働基準監督署から宿日直許可を取得した場合、許可の範囲内で行われた対応時間は原則として労働時間外とみなせます。

宿直が多い病院・診療所では、この許可の取得が上限規制クリアの鍵になることがあります。申請先は、管轄の労働基準監督署です。

対応が難しい場合は医院継承（M&A）も検討する

勤怠管理システムの導入にも費用がかかり、さらには人件費の増加や割増賃金の上昇が重なり、どうしてもクリニック経営が難しくなっているケースも出てきています。そこに後継者不在の問題が加わると「廃院しかない」と考えてしまう先生もいるかもしれません。

そのような場合には、廃院ではなく医院継承（M&A）という選択肢もあります。患者への継続的な医療提供、スタッフの雇用維持、地域医療体制の維持、いずれの観点からも、廃院より承継のほうが関係者全員に対する責任を果たせます。

また、働き方改革に対応している医療機関なら、M&Aの市場でもより高く評価される傾向があります。対応コストを「負担」ではなく「将来の資産形成」として捉えることも、一つの考え方といえるでしょう。

関連記事：病院の後継者不在の実態｜院内継承・第三者継承（M&A）のメリット・デメリット

医師の働き方改革に関するよくある質問

医師の働き方改革について、先生からよく寄せられる質問にお答えします。制度の詳細を確認するためにも、ぜひ参考にしてください。

Q1. アルバイト・副業先の労働時間も上限に含まれますか？

含まれます。複数の勤務先を持つ医師は、就労先すべての労働時間を合算して上限規制の対象となります。

主勤務先の医療機関が管理するだけでなく、副業先の労働時間も含めた一元管理が必要です。副業・アルバイト収入を維持したい医師にとっては、特に注意が必要なルールです。

Q2. 研鑽（学会参加・自己学習）は労働時間に含まれますか？

参加が任意かつ業務上の指示がなければ、原則として労働時間には含まれません。ただし、上司から暗黙の了解として参加を求められている場合（黙示の残業指示）は労働時間に含まれると判断される可能性があります。

「参加しないと評価が下がる」という雰囲気がある場合は、実態に基づいた判断が必要です。

Q3. 宿直は労働時間に含まれますか？

労働基準監督署から「宿日直許可」を取得している場合、許可の範囲内の対応時間は原則として労働時間外とみなされます。

ただし、許可なしの宿直はすべての時間が労働時間に算入されます。宿直体制のある医療機関では、許可の有無を早急に確認することをおすすめします。

まとめ：患者とスタッフを守るためにも医師の働き方改革への対応が重要

医師の働き方改革は「医師を休ませるためだけの制度」ではありません。患者に安全な医療を届け続けるため、スタッフが長く働き続けられる環境を整えるための制度です。

しかし、制度への対応が経営を圧迫しているのも事実です。勤怠管理システムの導入、宿日直許可の取得、タスクシフトの体制整備、やるべきことはわかっていても、人員・コスト・時間のいずれかが足りないケースがほとんどです。

対応が難しいと感じている先生は、一人で抱え込む前にご相談ください。私たちエムステージマネジメントソリューションズでは、働き方改革の対応に悩む医療機関の経営課題に向き合い、医院継承（M&A）を含む選択肢をご提案しています。

先生の医療機関が次の世代へつながるために、ぜひお気軽にお声がけください。

▶医院継承・医業承継(M&A)のご相談は、エムステージ医業承継サポートにお問い合わせください。

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